Die englische Bifid-Chiffre verwendet traditionell ein 5×5-Quadrat, in dem J wie I behandelt wird. So entstehen 25 Felder für das historische Polybios-Quadrat. Italienisch nutzt in dieser Implementierung denselben 5×5-Ansatz.
Andere Alphabete verwenden bei Bedarf größere Quadrate: Russisch, Deutsch, Spanisch, Portugiesisch und Türkisch nutzen 6×6-Gitter, Französisch ein 7×7-Gitter. Einige Gitter enthalten Ziffern als Füllzeichen, damit das Alphabet ein perfektes Quadrat bildet.
Leerzeichen, Satzzeichen und nicht unterstützte Zeichen werden bei der Berechnung ignoriert. Die Ausgabe erfolgt in Großbuchstaben, damit sie leicht kopiert, verglichen und in Beispielen verwendet werden kann.