El cifrado bífido inglés usa el cuadrado tradicional de 5×5, por lo que J se trata como I. Así se obtienen 25 celdas para el formato histórico del cuadrado de Polibio. El italiano usa el mismo enfoque 5×5 en esta implementación.
Otros alfabetos usan cuadrículas mayores cuando es necesario: ruso, alemán, español, portugués y turco usan 6×6, mientras que francés usa 7×7. Algunas cuadrículas incluyen cifras de relleno para que el alfabeto encaje en un cuadrado perfecto.
Los espacios, signos de puntuación y caracteres no admitidos se ignoran durante el cálculo. La salida se devuelve en mayúsculas para que sea fácil copiarla, compararla y reutilizarla en ejemplos.