Il cifrario a trasposizione colonnare scrive il messaggio in righe sotto una parola chiave. Ogni lettera della parola chiave etichetta una colonna. Le colonne vengono poi lette nell'ordine alfabetico della chiave per produrre il testo cifrato.
A differenza dei cifrari a sostituzione, come Caesar o Vigenere, questo metodo non sostituisce le lettere con nuovi simboli. Mantiene i caratteri originali, ma ne cambia la posizione: per questo è un cifrario di trasposizione.
Quando la parola chiave contiene lettere ripetute, questo strumento mantiene quelle colonne nel loro ordine originale da sinistra a destra. In questo modo i risultati di cifratura e decifratura restano stabili e prevedibili.