Sütunsal transpozisyon şifresi, mesajı bir anahtar kelimenin altına satırlar halinde yazar. Anahtar kelimenin her harfi bir sütunu etiketler. Daha sonra sütunlar, anahtar harflerinin alfabetik sırasına göre okunur ve şifreli metin elde edilir.
Caesar veya Vigenere gibi yerine koyma şifrelerinden farklı olarak bu yöntem harfleri yeni sembollerle değiştirmez. Özgün karakterleri korur, ancak konumlarını değiştirir; bu yüzden bir transpozisyon şifresidir.
Anahtar kelimede tekrarlanan harfler varsa, bu araç ilgili sütunları soldan sağa özgün sıralarında tutar. Böylece hem şifreleme hem de çözme için kararlı ve öngörülebilir sonuçlar oluşur.