Pour chiffrer un message, choisissez le réflecteur, l'ordre des rotors, les réglages d'anneau, les positions initiales et le plugboard, puis saisissez le texte clair. La sortie est le texte chiffré Enigma produit par cette configuration exacte.
Pour déchiffrer, saisissez le texte chiffré et restaurez les mêmes réglages que lors du chiffrement. Comme Enigma est réciproque, il n'existe pas de mode mathématique séparé pour le déchiffrement : l'interface indique la direction pour plus de clarté, mais le trajet du signal reste identique.
La notation compacte de la clé se lit comme rotors|rings|positions|reflector|plugboard. Par exemple, I,II,III|A,A,A|M,C,K|B|AB CD EF signifie rotors I-II-III, anneaux A-A-A, fenêtres initiales M-C-K, réflecteur UKW-B et trois paires de plugboard.