Шифр нигилистов — исторический ручной шифр, связанный с российскими революционными группами 1880-х годов. В нём объединены две идеи: квадрат Полибия, перестроенный ключевым словом, и второй повторяющийся аддитивный ключ. Шифротекст записывается не буквами, а группами чисел, разделёнными пробелами.
При шифровании сервис строит квадрат из ключа квадрата: сначала помещает неповторяющиеся буквы ключа, затем остальные буквы выбранного алфавита. Каждая буква сообщения превращается в координату — номер строки и номер столбца, считая от 1. Аддитивный ключ считывается из того же квадрата, повторяется по длине сообщения, и его координаты прибавляются к координатам букв сообщения. При расшифровывании выполняется обратное действие: из каждой числовой группы вычитается координата аддитивного ключа, а оставшаяся координата находится в квадрате.
Для русского алфавита сервис использует квадрат 6×6: три свободные ячейки дополняются цифрами. При шифровании пробелы, пунктуация и символы, не входящие в выбранный алфавит, игнорируются. Группы шифротекста могут состоять из двух или трёх цифр, поэтому для корректной расшифровки между ними нужно сохранять пробелы.